Uno de los valores adicionales del territorio se debe a la riqueza del patrimonio natural zoológico y botánico del territorio, reconocido a través de numerosas figuras de protección del territorio por parte de las directivas comunitarias y la legislación autonómica:7 zonas ZEPA: Sierra de las Villuercas, Puerto Peña y Sierra de los Golondrinos, Llanos de Zorita y embalse de Sierra Brava, Riberos del Almonte, Embalse de Valdecañas, Monfragüe y las dehesas del entorno y Vegas del Ruecas, Cubilar y Moheda Alta; 5 LIC: Río Gaudalupejo, Río Ruecas Alto, Sierra de cabezas de Águila, Dehesas del Ruecas y del Cubilar y Río Almonte, un corredor ecológico y de biodiversidad: Río Guadalupejo, 3 árboles monumentales: Roble de la Nava, Lorera de la Trucha y castaños de Calabazas, el Refugio del alto de San Blas, el Túnel de Cañamero y de manera especial un monumento natural: la Cueva de Castañar de Ibor y la pertenencia a la Reserva de la Biosfera de Monfragüe.
El rico patrimonio faunístico viene generando en los últimos años un creciente turismo ornitológico atraído por algunas especies emblemáticas como las abundantes grullas que se concentran al sur del territorio y las rapaces ligadas a los afloramientos cuarcíticos de las sierras , buitres leonados y negros, alimoches, cigüeñas negras, búhos y águilas reales, etc...